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启万里缓缓地睁开了眼。
但是，他并没有完全醒来。
从那段丢失了三世的记忆中，核心里的意识在他身上苏醒开始，他的意识便由那段记忆中回归到了自己的身体之中。
此时的他，处在一种半醒半睡的状态中。
他有些茫然地向下方望去。
他没有身体、并不存在，只有一团意识悬浮在高空中。
然后，看见了附身于“启万里”身上的核心意识，将小原抛到了一旁。
接着，他听见核心意识喃喃着，声音像是在他耳边回荡：“等等，我是谁呢？对……我来自遥远的星系，我是这个世界中的第一个存在，文明的创造者，也是文明的终结者。我是光明的元始，也是黑暗的元终，我是……暗元。”
启万里仿佛一下子醒了过来。
他的意识猛然穿越无数年岁，进入了一片无法言说的虚空……
……
四十亿年前。
原初的地球，熔岩密布，温度极高，仿佛一个大火球，这时，天空中突然出现了一个小行星一般的巨大物体，它状似圆球，蓝黑相间，猛然穿越了大气层，重重撞击在地球上！
这一次撞击掀起了无穷无尽的地震，但更重要的是，这个巨大圆球上似乎从宇宙中携带了大量的水元素，当它落入地球后，这些水元素在地球高温的影响下，变成了密度极微小的水蒸气，当时的地球表面有很强大引力，所以这些水蒸气被封锁在了地球的大气层中，随着时间的推移，地球开始了降温阶段，于是这些水蒸气变成了水，形成了大规模暴雨。
这一场暴雨，持续了上百万年。
在这一场大雨中，海洋逐渐形成。
而海洋形成的过程中，那个蓝黑色的圆球，也开始了变化。
它自行拆解成了一个又一个部分，随着地壳变动，被分散到了世界的各个地方。然而，它们并没有失去联系，反而同时被圆球之中的核心……也就是一个小小的魔方控制着。在那个核心的控制下，世界各地的部件开始工作。
核酸、蛋白质、糖类、脂质……
这些原本不存在于地球上的东西，开始被合成、创造出来，并投入到了大自然中。
生命，开始演化。
这个时代，史称冥古宙，也叫早雨时代。
……
在宇宙中漫长的旅途、改造地球环境、创造生命的过程，消耗了核心巨量的能量。而地球上，并没有合适的高级能量供它恢复，因此，它陷入了极其漫长的沉睡。
在这个过程中，它醒来过数次。
而它醒来的几次，在后来的地质学研究中，都是划分一个纪元的关键时期。太古宙、元古宙，然后渐入了古生代，开始了寒武纪……
它每一次醒来，都会对世界进行一定程度地改造。只是，它本身也是一个混沌的存在，甚至无法非常明白自己在做什么，改造世界、改造生命，它甚至不太明白自己是要创造出什么。
但随着时间变迁，它沉睡的时间越来越短，意识也渐渐清明。
在确认了恐龙这种生物不是自己想要的正确进化方向后，它毁灭了恐龙，再次对世界进行了一次改造。这次改造的六千万年后，也就是距今五百万年前，它创造出了第一个类人猿。
之后，在类人猿完成直立行走、学会使用工具后，它短暂地完全醒来过，使用自己制造出的最早一个人类形体，教会了最早的人类使用火种的方法。同时，它踏上了在大地上的旅途。
这一次旅途并没有持续很长时间，它便找到了自己想要的东西。
那是一种能量，一种在它漫长的改造过程中，由大自然中自然诞生的一种高级能量，能够提供给生物主动快速进化的能力，被它称为“元能”。只不过，这种元能的诞生十分偶然且脆弱，于是，它将这种元能带走，回到了自己深埋大地中的本体里进行分析与研究。
这一研究，又持续了数百万年。
在这个过程中，人类发展、缓慢进化。它在研究元能的过程中，也提供了一部分机会给人类，让一个名为伏羲的人能够接触到自己的核心，从而探究到世界变化的规则。伏羲根据核心魔方纹路上的知识奥秘，创造了八卦，并探索到了极小一部分关于元能的使用方法。
后来，伏羲回到人族中，将八卦流传了下来，并行走世间，终于发现了一种与元能有着异曲同工之妙的能量，称为灵气，这种灵气不如元能高级，但胜在源源不断，并存在于天地万物间，只是不同地方灵气的浓淡差异极大，于是伏羲利用从核心中研究到的东西，带领人族踏上了修炼之途。
之后，伏羲死前告别了人族，回去只有自己知道的那个、接触到核心的地方，从此死去。他消失的地方，也被人称为伏羲墓。
后来的几百万年间，人类文明发展，有人不断地利用灵气修炼，但大部分的人都在无数次战争中遗失了修炼的知识。
当然，也有一部分生物诞生在灵气浓烈的地方，逐渐成长为妖。
……
它的研究持续了很久很久，但是，就在马上要破解元能的最终秘密之时，几个强大的修仙者闯进了“伏羲墓”，也就是核心真实的本体中心，带走了魔方核心。
然后，便是启万里所经历的那一个惊魂之夜。
在接触到启万里的血液之后，核心意识再次苏醒，自名“暗元”。它惊讶地发现了世界上存在灵气，而人类已经摒弃了自我进化的道路，开始研究科技发展。
但是……身为机械生命体的它，知道一件事。
纯粹的科技之道，未来只有自我毁灭。
于是，它做了决定，再次改造世界。
不过，人类不错，文明也不错，可以留下一部分“资质”不错的人类，不必将毁灭恐龙一样将他们全部毁灭，否则重新演化一个种族，又需要数百万年的时间。而它的元能，已经准备得差不多了，不再需要这么长的时间。
但是，那些最强大的修仙者和妖族，还是需要先行毁灭，这些生物虽然资质很好，但根据暗元的推演，他们已经逐渐诞生了超出这个世界本身的强大意志，如果不进行消灭，新文明将无法诞生。同时，他们身上存在大量的灵气，正好可以回归这部分占据了世界上大部分比例的灵气，为重启文明的本体作准备。
于是，在这一夜之间，暗元借助启万里的身体，杀光了几乎每一个它认为应该毁灭的存在。
只留下少数修仙者，与少数中等实力的妖族藏了起来。
随后，经过它的简单计算，让自己的本体完全准备好重启文明，还需要几天时间，于是，它抹去了自己的宿主启万里这一夜的记忆，让他暂时回归到了正常生活中。他在这一夜中接触到的老于，也被暗元抹去了短暂的记忆，在他们的大脑中，这一夜是正常且平淡的。
这几天里，残余的修仙者与妖族以为暗元在大战中失去了实力，于是壮着胆子想要找到它，将它诛杀。
但是在他们找到之前，世界末日便来临了。
在启万里的妹妹启千寻的婚礼中，他体内的暗元感应到了本体已经完全准备好，于是催动了本体，制造了巨大的地震，开始改造世界。同时，它向启万里发出邀请，请他奉自己为神，成为自己缔造新文明的第一个使徒。
只不过，在启万里反应过来之前，离得最近的一个修仙者已经察觉到了它的存在，连忙赶到，愤怒地发起了攻击，将启万里撞入面前的地缝中……
“原来是你啊，暗元。”
启万里已经完全醒来。
他此时正躺在海底最深处，海门市遗址的正中央，他的身下，正是一个巨大的蓝黑色机械，看着像是一个大飞船，几乎占据了整个海门遗址地面的空间。对于这个时代的人们来说，可能会将它当作与其它旧世界残骸一样的东西看待。
他的眼中，无数画面闪过。
从四十亿年前，到那一日跌入深渊。
然后，他眨了眨眼。
那些画面全部从他的瞳孔中消失。
正好此时，暗元的声音从金丹中传了出来。
“你……怎么了……你看……到了什……么……”
它仍然留在金丹中，被金丹中的时间流速拖慢了思维速度。
启万里笑了笑，心中忽然无悲也无喜。
“我没事，我只是想知道后面的事。”
他缓缓坐起，拾起了躺在身边的帝海墨，随后慢慢站了起来，抬起头。
海面上，阳光投射进来，游鱼经过，光影斑点晃动。
“你们如果都来了，为什么不现身呢？毕竟，我们在这么久以前就认识了。”他说道。
下一秒，四个身影突兀地出现在了四周，他们好像在这里已经站了很久很久，又好像是刚刚才到来。
武神、世界之树、日月双鱼、深渊之主。
也是猴妖孙悟空、树妖世界、鱼妖阴阳、章鱼妖。
“明白了吗？”武神笑道：“为什么所有的答案都必须要你自己去寻找？”
“明白了。”
启万里手握帝海墨，问道：“那又怎么样？和你们有什么关系？”
武神摊开双手，笑着说道：“既然你已经知道了一切，那么……我们现在正式向你发出邀请，成为我们中的一员，与我们，共同瓜分暗元的权能。”