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大蛇丸三人数次写信给火影，说明半藏的毒雾对战场的影响，以及雨之国环境不利等因素，劝诫火影等待时机再与雨隐决战。
三代目火影并没有听从他们的建议，并下令让他们尽快调动部队，以最短的时间对雨隐发起攻击。
作为前线指挥官的大蛇丸果断的拒绝了火影的命令，并回村向木叶高层说明战场情况，希望木叶高层劝诫火影收回命令。
“还在心存天真吗？大蛇丸！”
木叶忍者学校，回村的大蛇丸找到了蓝染，他想听听蓝染的看法。
“为了战争的胜利，牺牲大量的普通忍者，甚至我、纲手、自来也都是这场战争的牺牲品，我并不是为我自己，才会劝火影收回命令。
我只是单纯的想知道，这么做值得吗？”
大蛇丸隐藏不住眼底的落寞，他也明白，火影下达这样的命令，肯定有其他手段，只是想不通为了胜利而牺牲普通忍者的做法，这样到底是对还是错，值得还是不值得。
“大蛇丸，有时候位置不同，看法也就不同。你的目光现在只局限于木叶，当你什么时候跳出这个束缚你的村子的时候，你的看法也跟现在不同，当你站在整个忍界之上的时候，你的看法也会随之改变。
你做好改变的准备了吗？”
蓝染将大蛇丸被局限的思维说的一清二楚，认知不同，看法不同。大蛇丸的认知，太过于局限在木叶这个小小的村子了。
“是吗，我明白了。”
大蛇丸停下脚步，思考着自己的短板，确实如蓝染所说一样，他的想法只是作为木叶忍者的想法。他自己从来没有想过，当自己脱离木叶忍者身份，那时候自己的会是什么样的想法。
大蛇丸在木叶村待了短短数天的时间，他回前线的时候，身边多了一个名为‘绳树’的弟子。
绳树，这个孩子是纲手的弟弟。两人之间也非常熟悉，大蛇丸回来的时候，绳树正好从忍校毕业，顺便将绳树收为弟子，便带着他一同前往前线。
“绳树君，这个项链送给你。当作你的毕业礼物，希望你能够成长为出色的忍者。”
大蛇丸将一个水滴形的吊坠送给绳树，这是米娅的灵魂结晶，大蛇丸非常喜爱绳树这个孩子。
绳树虽然看似迟钝莽撞，但是并不是笨蛋，他开朗、活泼，热爱木叶。他有着自己的坚定信仰，始终相信着人们能找到光明和正义，他有着自己的坚持，并期待着当上火影的那一天。
也许正是这份天真打动了大蛇丸，让大蛇丸十分期待这个孩子最终是否会成为他期待的人，也许绳树的坚持才是忍者真正的意义也说不定。大蛇丸非常期待绳树的成长，并期待着绳树光明的未来。
大蛇丸作为雨隐前线指挥官，他并没有按照火影的命令行动，大蛇丸按照自己的想法，对雨隐村采取稳扎稳打的做法，步步推进前线阵地。
但是他的做法让三代目火影无法忍耐，三代目火影下达了最后通牒，如果大蛇丸不按照他的命令与雨隐决战，那么将会剥夺大蛇丸指挥官的权利。同时在心中苦劝大蛇丸一番，希望大蛇丸不要让木叶的整体战略受损。
无奈的大蛇丸，最后只能无奈的接受了与雨隐决战的命令。
但是就在木叶高层们，以为战争即将进入收尾阶段的时候，雷之国的云隐发来紧急求救信，云隐的尾兽人柱力暴走，希望能够得到木叶方面关于尾兽封印术方面的支援。
木叶方面对于云隐的求援，并没有多加理会，也许这是一个削弱云隐的机会也说不定，木叶方面期待着这样的事。
云隐由于没能得到木叶的帮助，情急之下联合水之国的雾隐村，突袭了木叶的盟友涡之国，为的就是夺取以封印术闻名忍界的漩涡一族的封印术。
涡之国作为木叶的盟友，第一时间便向木叶请求了支援，但是将大量兵力投入雨之国战场的木叶并没有派兵支援涡之国。
木叶的大量精锐部队在防备岩隐，而其余的部队在大蛇丸的领导下准备发起对雨隐的决战，面对云隐和雾隐的联合，木叶目前没有太大的把握，所以便放弃了支援涡之国。
短短数十天的时间，得不到支援的涡之国，灭国。
但是就在涡之国被灭国之后，木叶却下达任务，让蓝染带领一支小队前往涡之国，希望用谈判的方式，让云隐和雾隐交出涡之国的土地。
木叶不希望火之国南方的边境被云隐和雾隐占据，那样的话对木叶的防备力是一个隐患。其实得到想要的封印术后，云隐已经离开了涡之国曾经的土地，蓝染主要面对的水之国的雾隐村。
“涡之国的遗孤吗？送到水户大人那里去吧！”
蓝染带领小队刚刚出村不久，便碰到了一个红发女孩，查看了她携带的物品之后，蓝染判断出这个孩子是涡之国的漩涡后裔，便让手下将她送到漩涡水户那里。
而大蛇丸那边，木叶与雨隐的最终决战，终于开始了。并在短短3天的时间之内结束了，木叶的忍者几乎死伤殆尽，只有大蛇丸、自来也和纲手三人，还伫立在战场之上。
最后，不忍与木叶彻底交恶的半藏放过三人，并送以‘木叶三忍’的称号给三人，这对大蛇丸三人来说，是名声，也是耻辱。
虽然他们输掉了这场战斗，但三代目火影派出的机密部队，顺利的攻下了雨之国的大名府，雨隐村最终还是输掉了这场战争。
“这次，又是大蛇丸老师的礼物救了我一命呢！可惜，已经完全碎掉了。
对不起，大蛇丸老师。”
绳树拿着大蛇丸送的吊坠，上面已经满是破裂的纹路。上次绳树误入陷阱，也是这个吊坠突然激发的护盾救了他一命，这次吸入毒雾也同样是吊坠中残余的能量救了他。
“已经没有作用了，下次就没有东西能够救你了。所以，以后加倍努力吧！绳树君！”
大蛇丸拍了拍绳树的蘑菇头，这个孩子最终还是活下来了，大蛇丸很开心。
自来也那家伙，竟然会因为雨隐村的孩子留下，这点有些出乎大蛇丸的意料。纲手也遇到了值得托付的人，大家都有了自己珍重的人，这种感觉还不错呢！
雨之国的战争结束了，只剩下最后的谈判和收尾了。