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10月初1日吴王命吴中书省右丞相：徐达，为征虏大将军、吴平章政事：常遇春，为副将军，率军25万北进中原，并发布北伐〈谕中原檄〉榜文中提出「驱逐胡虏，恢复中华，立纲陈纪，救济斯民」的纲领，以此感召北方人民起来反元。
吴王还对北伐作出了部署，提出先取山东行省撤除了大蒙元帝国的屏障，在进军河南江北行省切断它的羽翼夺取安西路潼关县占据它的门槛，最后进兵包围元大都。
这时元廷势孤援绝不战而取之，再派兵西进中书省太原路、陕西行省、就可以席卷而下，北伐大军按计而行，吴征虏大将军：徐达，率兵先取山东行省再西进攻下汴粱路，然后挥师潼关县，再由吴王到汴梁路坐镇指挥。
明洪武元年、蒙元至正二十八年公元1368年正月初4日，吴王：朱元璋，在百官们的劝进和拥戴下，于应天府郊坛即皇帝位，立国号〈大明〉改元年号「洪武」追尊祖上四代为帝为后，意为继承韩宋小明王的大明政权，也是为了拉拢韩宋部将们的人心。
随即返回奉天殿内，由明宣国公：李善长，奉册宝立妃：马秀英，为大明帝后、吴世子：朱标，为大明皇太子，在封李善长、徐达为左右丞相，其他有功文武之臣皆给予进爵和奖赏。
大明皇帝：朱元璋，在即位诏书中大谈天命所归；自宋运既终，天命真人于沙漠，入中原为天下之主，传及子孙百有余年，今运亦终，海内土疆豪杰纷争，吾朱元璋本为淮右庶民，只是承上天眷顾、祖宗之灵，奉天法祖才在英雄豪杰之中逐鹿而起，广致英贤文武拯救百姓，使之民安田里，由文武大臣、及百司众庶尊吾为皇帝，勉徇舆情而即帝位，布告天下咸使闻知。
又大封诸将为公侯伯子男爵位，部份追封为郡王，初封六公，其中以五大将、一大臣为开国元勋，分别为：明宣国公：李善长、明魏国公：徐达、明郑国公：常遇春、明曹国公：李文忠、明宋国公：冯胜、明卫国公：邓愈。
而后又追封死去的韩宋右翼统军元帅：胡大海，为明越国公、战死的韩宋凤翔卫指挥使：丁德兴，为明济国公，吴征南大将军：汤和，为明信国公、韩宋亲军都指挥使：冯国用，为明郢国公。
7月各路明军沿运河乘船直达海津镇。
7月27日进占大都路通州，8月明军又进逼蒙元帝都大都，而此刻蒙元四川招讨使：李思齐，还在奉蒙元皇太子旨意与蒙元河南郡王知枢密院事：扩廓帖木儿（王保保）交战。
接着蒙元惠宗急忙下诏让蒙元河南郡王知枢密院事前来中书省大都路救驾，丝毫把之前如何听信谗言污蔑他的事抛到脑后，但怎奈明军北伐攻势太猛了，在山东行省打败了蒙元詹事院同知：脱因帖木儿（王保保弟），又俘虏了蒙元梁郡王河南江北行省平章政事：乃蛮·阿鲁温，才迫使蒙元惠宗为了安全起见直接带领蒙元帝后：奇皇后，三宫后妃、蒙元皇太子：孛儿只斤·爱猷识理答腊，开健德门逃出大都，经居庸关逃到中书省上都路退守蒙古草原。
蒙元京畿都尉：孛儿只斤·库库帖木尔，被迫逃跑，就连率先赶到大都路救驾的蒙元四川招讨使也投降明军，至此98年的大元蒙古帝国灭亡。
同时大明取得了在长城以南的统治权，还赐（顺帝）封号给蒙元惠宗，并承认大元蒙古帝国的正统，但大明建立后虽然蒙元帝国失去了对中原的统治却仍然拥有着广阔的北方草原地区以及中书省北部、陕西行省西部、四川行省、云南行省、宣政院辖地、辽阳行省、岭北行省、甘肃行省、征东行省、等地仍归蒙元惠宗顺帝统治，还有西部畏兀儿、东部的高丽国和辽阳行省广宁府路的蒙元太尉：扎刺儿·纳哈出，都在配合蒙元皇帝准备反扑明军，因此大明时刻感到有重大威胁。
明洪武二年、蒙元至正二十九年公元1369年2月16日，明太祖：朱元璋，在鸡鸣山立功臣庙，当时他告谕中书省群臣说“元末政乱，祸及生灵。我倡义临濠，以全乡曲，继率英贤渡大江，遂西取武昌路，东定集庆路，北下中原，南平闽广，越十有六载，始克混一每念诸将相从，捐驱戮力，开拓疆宇，有共事而不睹其成，建功而未其报，追思功劳，痛切我怀，因此，命有司立功臣庙，序其封爵，为像以祀，人孰无死，死而不朽，乃为可贵如诸将者，生建忠勇之命，死有无穷之荣，身虽殁而名永不磨灭。”
6月初3日庙成，明太祖亲定功臣位次，以明魏国公：徐达，为首、明郑国公：常遇春，为次、再到明曹国公：李文忠、明卫国公：邓愈、明信国公：汤和、明黔国公：沐英、明越国公：胡大海、明郢国公：冯国用、明梁国公：赵德胜、明高阳郡公：耿再成、明浙西行省平章政事：华高、明济国公：丁德兴、明豫国公：俞通海、明蔡国公：张德胜、明全州卫指挥佥事：吴良、明大都督府佥事：吴桢、明山西行省平章政事：曹良臣、明同知大都督府事兼太子右率府使：康茂才、明安陆卫指挥使：吴复、明东海郡公：茅成、明大都督府副使：孙兴祖，这二十一人死者像祀，生者虚位。
又以廖永安、俞通海、张德胜、桑世杰、耿再成、胡大海、丁德兴七人配享太庙。
明太祖为了打击蒙元帝国势力派出明郑国公：常遇春、明曹国公：李文忠，出兵攻下攻打上都路，迫使蒙元惠宗顺帝不得不北撤应昌府。
明洪武三年、蒙元至正三十年公元1370年，明太祖改各地中书省治下的（路）为；府，按照府、州、县排名，并以明魏国公：徐达，为征虏大将军出征沙漠途中遇见驻守在沈儿峪口的蒙元河南郡王知枢密院事，他与明魏国公率领的明军展开激战。
明军以步骑、火铳队、火炮营、弓箭队、长枪队列阵迎敌大败元军，蒙元河南郡王知枢密院事仅与妻子和少数随从北渡黄河跑到岭北行省驻地和林，就连关内的陕西行省、甘肃行省也被大明帝国占据，还擒拿了蒙元郯亲王：孛儿只斤·薛笃阇，蒙元文济郡王：孛儿只斤·帖木儿不花，以下官员一千八百六十五人。
其中明左副将军：李文忠，等部将还率军从东路出居庸关直克应昌府，把蒙元惠宗之孙：孛儿只斤·买的里八刺，以及后妃、诸王、官吏等多人被俘解往至大明京师应天府，明太祖赐封蒙元皇太孙：孛儿只斤·买的里八剌，为「崇礼侯」希望蒙元能够臣服大明帝国。
闻此噩耗传来时蒙元惠宗顺帝直接吐血身亡死于牙账内，时年50岁，蒙元皇太子则在精锐铁骑保护下逃到和林，与蒙元河南郡王知枢密院事汇合，并在和林被拥立即位为大蒙古帝国第16代大汗，称〈必力克图汗〉年号「宣光」，以明年为宣光元年，还废除皇帝称号，不在以（大元）为国号，而以（大蒙古帝国）为国号，史称（北元）在即位后遇到了来和林的北元河南郡王知枢密院事：扩廓帖木儿（王保保），从此君臣和好摈弃前嫌重归于好。
到了明洪武四年公元1371年明凉国公：蓝玉、明征虏前将军：傅友德，领兵西进伐蜀攻打明夏国克夔州路，继续南下重庆路使得夏军不能抵！劝大夏开熙帝：明升，投降大明帝国被明太祖降封为〈归义侯〉。
而明征虏大将军：徐达，则驻守在北平府训练兵马，修城池防止北元军队南下，还时常徙步登山去看军民诸卫府，并安置了二百五十四屯，垦田一千三百馀顷。
明洪武五年公元1372年明征虏大将军北征出雁门关，在野马州大败北元河南郡王知枢密院事所率领的北元军队，还追击至土剌河俘获了北元陈国公：兀剔·帖里密赤，等五十九人，其余两路还扫荡亦集乃路、瓜州路、沙洲路、克鲁伦河、扫林山等地重创北元军队。
同时西路明军在攻取洮州路、岷州路的时候，还进军南下入北元帝国治下的吐蕃等处宣慰使司都元帅府（脱思麻宣慰司）的治所河州路，斩杀三法王迫使北元吐蕃宣慰使：何锁南普，接受明军招抚降明。
在得知蒙元惠宗病死的消息后，原先忠于蒙元帝国的西北各族首领们也陆续归附大明，世袭封主蒙元镇西武靖亲王：孛儿只斤·卜纳剌（蒙元世祖武皇帝：孛儿只斤·忽必烈，第七子蒙元西平亲王：孛儿只斤·奥鲁赤的五世孙）携带蒙元帝国颁发的印信，率吐蕃等处宣慰使司诸部首领到应天府向大明纳款表示归顺。
明太祖收缴了元廷授予他们的印信，并分别授予他们为大明河州卫指挥同知、大明靖南卫指挥同知，并准予其子孙世袭，属下官吏也授予卫镇、千户、百户等官职。
就连蒙元摄元帝师：喃迦巴藏卜，也带领了六十多人赴应天府朝见明太祖表示愿意归降，为此明太祖很高兴封他为〈炽盛佛宝国师〉，赐玉印一颗，他还先后两次向大明举荐故元的藏族旧官一百多人，皆被授予各级官职。
此后明太祖采用尺进寸取，专事经营沿边地区的方针，向辽阳行省和甘肃行省方向延伸，得地后随即设立〈卫所〉派军驻守以避免孤军深入漠北，使得北元诸王将士相继归附。
明洪武八年公元1375年3月初1日，明太祖诏令印造〈大明通商宝钞〉以桑穰为原料，规制；高一尺、宽六寸，许以青色为质，外为龙文花栏，横题额；大明通行宝钞。内上两旁为篆文八字：大明宝钞，天下通行，中图钱贯状，十串则为一贯。