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按照建筑师最初编写救世主时的任务，救世主的使命就是在锡安运行一段时间后，将锡安的代码带回到matrix的源程序进行重装，同时机器摧毁锡安，完成matrix系统的升级。之后救世主将按照初始设置，带领16女7男返回真实世界，再开始重建锡安，等待下一代的救世主。而尼奥与前任们不同的是，建筑师在他的意识中编写了关于爱的编码，这本来是系统处于不断升级的需要，也是考察人类反应的新实验。
不过建筑师没有想到的是这个关于爱的编码，不但导致了尼奥在第二集中做出违背程序设置的选择，而且在第三集中将“爱情”升华为“博爱”，从而最后终结了战争，终止了矩阵和锡安之间的循环。更加没有想到的是张源这个异类的到来，完全超出了它的逻辑范围内。
当尼奥两人驾驶着飞船来到了人类的养殖场时，机器堡垒开始启动防御系统，无数的机械乌贼铺面而来，而飞在外面的张源早已经穿上了巨人殖装，高周波剑随意挥动着，将眼前这些机械乌贼全部劈成两半。而尼奥他们也急忙下了飞船，尼奥只是将手按在了养殖场裸露在外面的电％，线中，似乎在控制着母体的某个功能。不过外面的机械乌贼越聚越多，就连张源都有些目不暇接，情况并不乐观。
就在此时，尼奥闭上眼睛伸出右手凭空狠狠一捏，瞬间眼前的机械乌贼全部爆炸开来。尼奥大声说道：“这些就交给我了，你去对付建筑师！”不愧是救世主，所有的矩阵系统的规则在他面前都变得透明。张源点点头，没有啰嗦，直接起身往机械塔的方向飞过去。原剧情中周围本应该出现的闪电并没有出现，张源暗自冷笑，看来建筑师已经察觉到了事情的不对劲了。
当张源缓缓降到机械塔顶端的时候，一个跟巨人殖装后张源差不多高度由无数的机械虫子组成的机械巨脸出现在了张源面前。“你到底是谁？现在的你根本不像人类！在我的资料里根本就没有你的存在！”那张巨脸缓缓开口说话，看样子它已经得到张源的信息了，张源的存在对他来说太不科学了。
“我是一个位面旅行者，我来拯救这个位面的人类。”张源说出了一句自己都感觉高上大的话。
“不可能！这只是一种理论而已！在母体里，这个理论已经被推翻了！”机械巨脸愤怒的咆哮道，瞬间所有组成机械巨脸的机械虫子四散开来向张源冲去。张源心中不屑，这建筑师看起还没那先知聪明呢，不过也许是自己直接抓住了这家伙的死穴，自己的升级所需的必须条件被人直接掐断，能不愤怒吗？张源连巨人殖装的力量都懒得用，念力直接使出，将眼前这些机器虫子里的电线直接割断，瞬间散落了一地的铁疙瘩。
不过建筑师自然没有死亡，顿时又有无数的机械乌贼赶了过来，张源只是轻轻一哼，机械乌贼也瞬间掉落一地。又大概过了30秒，一个巨大的机器人出现了在张源背后举起拳头狠狠砸了下来。建筑师似乎已经察觉出了张源的攻击方法，这个机器人浑身上下都被铁片包裹着，张源发现自己的念力已经找不到可以切断的电线了。
张源大喝一声，头上的金属球发出刺眼的白光，身体在一刹那间变成了20米高的巨人。手上的高周波剑自行运转，如同电钻一般深深钻入机器人体内，将其四分五裂。但周围的机械虫子却依旧纷纷聚拢起来，张源见此举起右手，通过腕部的瘤状组织把从重力制御球中摄取的能量收蓄在五指之间，并形成极微小的黑洞，黑洞蒸发产生冲击波，使出了超重压炮！
张源看着地面上的巨大地洞刚想松口气，身后却又传来了机械乌贼的声音，张源又一次将念力使出把它们击落，但与此同时也有一些新的机械虫子飞了过来聚拢在一起。该死！这根本打不完！张源暗骂想道：不行得想个办法，对了能源问题或者主体问题！张源立即转身朝机器塔走过去，刚才建筑师似乎故意将自己引开来。不再理会身边的对于巨神殖装的张源来说如同苍蝇一般的机械乌贼，又一记超重压炮将其直接泯灭！
可惜机械乌贼依旧活蹦乱跳，而那些机械虫子又一次形成了一张巨脸，开口说道：“放弃吧人类，我是死不了的！”
张源不理它，转头看向那些人类养殖场，大声吼道：“尼奥，有没有方法将建筑师的能源路线给掐断！”
尼奥的声音也远远传了过来：“看地上！通往中间的那一条巨大的电线缆就是！”张源闻言向四周望去。这一片巨大的人类养殖场中间汇集成了一道巨大的巨蟒往铁塔的方向过去。莫非这系统中心是在地下而不是地上？张源顿时了然，高周波剑挥舞了几下将其切割成数十块。不过身边的机械乌贼跟虫子却丝毫没有停止的样子。
备用能源吗？张源暗恨，这真是没完没了！心中一阵发狠，启动了巨神殖装的磁场控制，直接将整个人类养殖场凭空举起。然后带着所有人直接走了，你爱玩自己玩去，哥跑路了。
张源托着整个人类养殖场直接飞到了地球的另一边，然后打开巨神殖装胸口的超粒子炮射向地面，直接轰出了一个巨大无比的洞穴，缓缓将人类养殖场还有里面那些乱七八糟的机器设备放了进去，再用念力将上面的洞口掩埋了起来。这建筑师看来一时半会是消灭不了了，要不是有人类养殖场的存在，张源早就在巨神殖装状态下用超粒子炮将那个地方直接泯灭掉。
不过在此之前得去锡安把那些幸存者带到这里过来，那里现在也不怎么安全了，到时所以的人再重新计划一下接下的步伐。